Bionic Commando розповідає історію повернення біонічно посиленого Натана Реда Спенсера. Слід зазначити, що час не пощадив Спенсера. Через 10 років після його героїчної поразки імперців в оригінальній грі він був відданий урядом, якому він поклявся служити, ув'язнений за злочини, яких він не чинив, і засуджений до смерті.

У день страти Спенсера терористи підірвали масивну експериментальну зброю у місті Вознесіння, викликавши сильний землетрус, який перетворив місто на руїни та знищив його населення. З урахуванням того, що місцевість у руїнах та система протиповітряної оборони міста тепер перебуває під контролем масивних терористичних сил, мета яких залишається неясною, у ССА залишається лише один варіант-напад у тилу. Ідеальна робота для біонічного коммандос.

Bionic Commando переносить ігровий процес swing-and-shoot 8-бітного оригіналу в приголомшливе 3D-середовище з високими будівлями, підвісними дорогами та монорейками, глибокими каньйонами та стрімкими скельними гранями, де кожне середовище масштабується за допомогою методів хитання, масштабування стін.