F.E.A.R. 2: Project Origin - це продовження F.E.A.R.: First Encounter Assault Recon та фірмова суміш надприродного жаху та саспенсу. Багато механіків з оригінального шутера від першої особи перекочували в гру, наприклад, уповільнена зйомка та інтелектуальний ІІ. Також були введені нові елементи геймплею, такі як захоплення та перетягування рухомих укриттів, бойові хутра та прицілювання за допомогою залізного прицілу.

Навколишнє середовище стало більш відкритим і менш лінійним, ніж у першій грі, а також різноманітнішим.
Point-Man, головний герой першої F.E.A.R., був замінений на нового грабельного персонажа, Майкла Бекета, оператора Delta Force, який був посланий на завдання заарештувати президента Армачама Женев'єву Арістіда приблизно за 30 хвилин до закінчення першої гри. Альма, дивна маленька дівчинка, повернулася, щоб налякати вас та допомогти вам у деяких моментах.