Гра починається від імені Шейна Карпентера, нового Сержанта Ментел, який перебуває на авіаносці, що прибуває в регіоні Боа в Південній Америці, щоб звільнити невелику країну від повстанців з організації Рука Допомоги, які проводять етнічні чистки, і зупинити їхні злочини проти людяності. Шейна зустрічають його товариші по службі: командир загону Морган Дюваль, Капрал Тійєр (Tear), Піші (Peshy) і Ремінець (Watchstrap) (прізвисько, справжнє ім'я не згадується). Капрал Тійєр залишається на кораблі, оскільки він не прийняв своєї дози Нектару.

Нектар, що використовується в грі, це штучний наркотик, який створюється корпорацією Ментел, який покращує здібності людського організму, підвищуючи швидкість, влучність і витривалість. Препарат таємно використовується для контролю над солдатами, дозволяє їм бачити лише ворогів, але також може призвести до втрати контролю, що призводить, наприклад, до того, що солдат не може відрізнити союзника від ворога.

При пошкодженні розподільника Нектару (невеликий круглий прилад, що кріпиться ззаду, на шиї) солдат виходить з-під контролю корпорації, після чого активується протокол «Haze», який наказує найближчим загонам знищити перебіжчика.